Para garantir a segurança dos dados a serem armazenados no BDCC, ficou definida junto à Alfândega do Porto de Santos a contratação do serviço de Data Center proporcionado pela IBM (unidade de Hortolândia).
A seleção dessa empresa foi precedida de uma visita conjunta feita pela ABTRA e pela Alfândega do Porto de Santos e apresentação das certificações internacionais.
A IBM garante um SLA (garantia de nível de serviço) de 98% (em contrato) e o tempo de recuperação de até três horas em caso de desastre, garantido por simulação feita para a aplicação de um Plano de Continuidade Operacional (PCO).
O acesso ao sistema BDCC é feito exclusivamente através de certificado digital, de modo a conferir validade jurídica a todas as transações realizadas e prestadas à Receita Federal.
O ambiente exclusivo para emissão e gravação de crachás MIFARE Classic de 1k foi definido em conjunto com o dono da patente (NXP/Philips) e em atendimento a contramedidas que o impedem de ser clonado ou lido por empresa não integrante do polo portuário sob a jurisdição da Alfândega de Santos.
